Сюжет игры будет меняться по ходу дейтствий, разворачивающихся в игре

Акацуки занимаются поимкой Джинчурики и поиском всевозможной информации о них;
Орочимару никак не может уняться после поражения в Конохе, поэтому с новыми силами, собирая всех своих подопечных он вынашивает план мести: напасть на деревню во время очередного экзамена на джоннина и выкрасть важные документы из кабинета Хокаге (возможна потасовка, для отвлечения внимания);
Коноха усиленно готовится к проведению смотра претендентов на ранг Джонин. Экзамен проходит под усиленным контролем. В Коноху, на время экзамена, прибывает делегация из Суны в лице самых высокопоставленных чинов (Казекаге и его приближенные);
Шиноби Амегакуре сотрудничают с Конохой, помогая деревне с организацией экзамена;
Кири задумывает устроить диверсию против Союза Стран и хотят начать с Конохи, опять же
вынашивая план напасть на селение во время проведения экзамена;
Остальные деревни пока находятся в "свободном парении".

Сюжет можно обсудить в этой теме